简介

小 RNA 是一类重要的体内调节分子，主要包括 miRNA、piRNA 和 siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，从而调节细胞生长、分化以及个体发育、生殖等重要生物学过程。小 RNA 测序技术采用胶分离技术，收集样品中 18~30nt 的 RNA 片段，利用高通量测序技术，一次性获得单碱基分辨率的数百万条小 RNA 序列信息，依托强大的生物信息分析平台，鉴定已知小RNA，并预测新的小 RNA 及其靶基因。

我们的优势

• 高度灵活性：可研究任一17～35 nt之间小RNA分子
• 高度精确性：可精确到单核苷酸水平，非常有利于区分高度同源的小RNA分子和鉴定小RNA的多态性
• 检测动力学范围广：可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析，有利于低丰度小RNA差异表达的研究
• 数据质量高：深度测序保证了抽样随机性，可靠性和重复性高，与实时定量PCR结果具有较高的一致性

技术路线

• 总RNA提取（RNA样品≥3ug）
• RNA质检
• sRNA文库构建
• 上机测序（SE50）
• 数据分析

sRNA文库

数据分析流程

服务周期

45天

案例分析

研究发现，从两个萝卜根文库中（一个是未经处理的萝卜根，另一个是Pb胁迫的萝卜根）共鉴定出74个已知的和173个潜在的新miRNAs。其中，25个已知的和9个新发现的miRNAs有显着差异表达，并鉴定为Pb应答miRNAs。降解组分析显示，1979对miRNA-mRNA靶向转录本很有可能被剪切。GO分析表明，这些靶向转录本主要参与转录调控，防御反应和结合相关的功能。Pb应答miRNAs调控的靶基因主要参与胁迫相关信号的感知和传导，特定金属的吸收，以及体内平衡机制。

图1 CK组和pb500组萝卜根文库中小RNA分子大小的分布。

图2 预测的新miRNA前体结构。

 

参考文献

[1]Yan Wang， Wei Liu， Hong Shen， et al.Identification of Radish (Raphanus sativus L.) miRNAs and Their Target Genes to Explore miRNA-Mediated Regulatory Networks in Lead (Pb) Stress Responses by High-Throughput Sequencing and Degradome Analysis (2014) Plant Molecular Biology Reporter. doi： 10.1007/s11105-014-0752-y [article]