circRNA测序

简介

circRNA是一大类非线性RNA,作为调控因子发挥着巨大作用。circRNA具有大量存在,进化保守,在细胞质中相对稳定的特点。这使得circRNA具有许多的功能,例如作为miRNA的海绵,绑定RNA形成RNA-蛋白复合物,调控基因的转录。circRNA测序能够在整体水平上解释样品中circRNA的分类信息、表达量信息等,通过分析其与miRNA的互作关系探讨ceRNA调控机制。

我们的优势

  • 应用范围广:可以检测几乎任何动植物的环状RNA
  • 环状RNA全覆盖:高深度覆盖,可以检测到低丰度的稀有circRNA
  • 专业化的生物信息学分析:强大的生物信息学团队,提供新环状RNA鉴定、环状RNA功能预测、环状RNA分子标志物筛选等深入分析易读性强的数据报告

实验流程

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生信分析

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结果展示

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图1 miRNA与circRNA互作表。

circRNA可以吸附相应的miRNA,通过特异性的吸附miRNAs以达到抑制miRNA的功能(Thomas B. Hansen et al., 2013)。因此,对新鉴定的circRNA进行miRNA靶基因的预测,有助于进一步研究circRNA的功能。对于动物和植物,分别使用miRanda和RNAHybrid软件预测miRNA的靶基因。

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图2 基因、miRNA和circRNA共表达分析。

当测序样品的数目大于5个时,每个样品分别在基因、miRNA和circRNA水平都有表达量数据时,我们可以根据不同组学的数据进行共表达分析,根据共表达分析结果我们能够更好的分析circRNA, miRNA和mRNA之间的关系,预测他们之间的调控关系,对关键因子的筛选有重要作用。

服务周期

70天