circRNA测序
简介
circRNA是一大类非线性RNA,作为调控因子发挥着巨大作用。circRNA具有大量存在,进化保守,在细胞质中相对稳定的特点。这使得circRNA具有许多的功能,例如作为miRNA的海绵,绑定RNA形成RNA-蛋白复合物,调控基因的转录。circRNA测序能够在整体水平上解释样品中circRNA的分类信息、表达量信息等,通过分析其与miRNA的互作关系探讨ceRNA调控机制。
我们的优势
- 应用范围广:可以检测几乎任何动植物的环状RNA
- 环状RNA全覆盖:高深度覆盖,可以检测到低丰度的稀有circRNA
- 专业化的生物信息学分析:强大的生物信息学团队,提供新环状RNA鉴定、环状RNA功能预测、环状RNA分子标志物筛选等深入分析易读性强的数据报告
实验流程
生信分析
结果展示
图1 miRNA与circRNA互作表。
circRNA可以吸附相应的miRNA,通过特异性的吸附miRNAs以达到抑制miRNA的功能(Thomas B. Hansen et al., 2013)。因此,对新鉴定的circRNA进行miRNA靶基因的预测,有助于进一步研究circRNA的功能。对于动物和植物,分别使用miRanda和RNAHybrid软件预测miRNA的靶基因。
图2 基因、miRNA和circRNA共表达分析。
当测序样品的数目大于5个时,每个样品分别在基因、miRNA和circRNA水平都有表达量数据时,我们可以根据不同组学的数据进行共表达分析,根据共表达分析结果我们能够更好的分析circRNA, miRNA和mRNA之间的关系,预测他们之间的调控关系,对关键因子的筛选有重要作用。
服务周期
70天